Hi-C 测序技术(图解详解) - 知乎
一、介绍Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 白墨:一文读懂三维基因组(图文详解)用途: …
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一、介绍Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),是分析染色质三维空间结构的一种测序方法,用于研究三维基因组。 什么是三维基因组? 白墨:一文读懂三维基因组(图文详解)用途: …
该技术通过甲醛交联固定染色质空间构象,结合限制酶切割、生物素标记、片段连接及高通量测序,构建全基因组互作频率矩阵,分辨率可达1Mb至1kb,支持染色质区室化、拓扑关联结构域(TAD)和染色质环等三维特征解析。
Hi-C—前沿技术带你走进DNA的三维空间 Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息,研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT ...
武汉金开瑞生物(genecreate.cn)Hi-C技术利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。
Nov 26, 2024 · 通过这些工具和代码,你可以完成 Hi-C 数据的基本分析,生成染色质三维 结构模型。如果有特定需求,比如更高级的分析(环检测、跨样本比较等) ,可以进一步探索 Juicer 、 3D-DNA 或自定义分析脚本。 生信大白记第38记,就到这里,关注我! 下一记,持续更新学习生物信息学的内容! 生信大白记 ...
Hi-C互作主要解析的是染色质三维构象对于基因表达及表型性状等调控机制,建议至少设置2个生物学重复。 对于细胞系样本,可以考虑每组3个生物学重复,每个重复50X即150Gb数据量,合并各组3个生物学样本进行分析,更经济实惠;对于临床样本则不建议这种方案。
一、应用Hi-C技术构建染色体跨度单体型 基于Hi-C技术,将高通量测序与生物信息学技术结合起来,根据染色体边界的存在构建出了染色体跨度水平的单体型(Haplotype),与传统的单体型构建相比,利用Hi-C技术构建染色体跨度的单体型图谱,跨度更长,完整性更高。
Mar 7, 2024 · HiC-seq介绍 Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,该技术可以高通量的检测所有基因组序列在三维空间上的相互作用。可用于描绘基因组空间构象、染色质的相互作用模式、转录调控以及不同生物学性状的形成机制,并进一步挖掘与生命活动和疾病相关的 ...
Hi-C(High-throughput chromosome conformation capture),即高通量染色体捕获技术,可在全基因组范围研 究 DNA 的相互作用,描绘高分辨率的染色质三维结构图谱,得到 A/B compartment、拓扑相关结构域(TAD)、染色质 环(loop)三个层级的信息。作为表观遗传学科研服务的国内先驱,表观生物可为客户提供 Hi-C ...
Oct 9, 2023 · 3C相关技术 第二部分:Hi-C 技术 Hi-C 技术是3C 技术的进化版本,它利用高通量测序和 生物信息学分析,使我们能够更全面地了解基因组的三维结构。Hi-C 的主要步骤包括: 1. 交联、切割和连接:与3C 技术相似,Hi-C 首先对染色体进行交联、切割和连接,但这些步骤在Hi-C 中进行了大规模和高通量的 ...