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[VMD] 调用dssp程序计算模拟轨迹中蛋白质各类二级结构比例的VMD …
2019年12月24日 · Gromacs的do_dssp功能可以调用dssp程序计算模拟轨迹中蛋白质内各类二级结构在总氨基酸中所占的比例，默认情况下VMD也可以调用stride进行类似的计算。但是这两种方法 ...,计算化 …
dssp封装
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DSSP安装问题；用“dssp"命令生成.dat文件怎么作二级结构图 - 分子模 …
2025年6月19日 · 各位老师和前辈们好，关于DSSP我有两个问题：1、第一是关于DSSP安装：我下载了DSSP3.0.10安装包，解压之后有四个可执行程序（dssp hsspconv mkdssp mkhssp），全都复 ...,计 …
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gmx自带dssp导出dat数据绘图问题 - 分子模拟 (Molecular Modeling)
2024年9月13日 · 如题，题主使用的是gmx2024.01版本，自带gmx dssp，使用指令为：gmx dssp-s md02.tpr-f md02_fit.xtc-o dssp.dat-num dssp.xvg-b 0-e 100000-tu ps 导出xvg文件默 ...,计算化学公社
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在作gmx do_dssp命令时老是出现错误提示怎么解决？ - 分子模拟 …
2022年10月18日 · 想利用gmx do_dssp命令分析二级结构随时间变化情况，我是在Ubuntu中利用conda install-c ostrokach dssp命令来安装dssp,显示也已经安装完成，但是在使用gmx do_dssp时出现 ...,计 …
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请问gromacs里的dssp怎么用啊 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计 …
2023年12月15日 · [GROMACS] 请问gromacs里的dssp怎么用啊 [复制链接 Copy URL] ... 返回列表 Return 高级模式 Advanced mode B Color Image Link Quote Code Smilies
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求助：DSSP中蛋白质二级结构的编码 - 分子模拟 (Molecular …
2019年12月3日 · Gromacs程序中使用DSSP方法来分析蛋白质二级结构生成两个文件：scount.xvg and ss.xpm。scount.xvg文件里的内容如下加粗斜体文字，其中的：s0 legend "Structure"、 s4 l ...,计算 …
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CentOS7.x系统通过conda安装DSSP后，无法运行 - 分子模拟 …
2024年8月23日 · 各位老师好，我在Linux系统中通过运行conda install-c-salilab dssp后，成功安装了DSSP，但是我使用命令dssp-i input.pdb-o output.dssp后却无法运行，终端提示无法找 ...,计算化学 …
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求助通过gromacs中do_dssp模块计算蛋白二级结构随时间变化的问题
2022年3月21日 · 各位大神您们好，本人是分子动力学的小白，最近本人从amber转到学习gromacs软件，系统用的是ubuntu20.4。昨天本人已经用gromacs跑完了一个卵清蛋白亚基（PDBID:1OVA）的动 …
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求助旧版本do_dssp命令无法读取新版本tpr文件 - 分子模拟 (Molecular …
2024年10月10日 · 模拟生成轨迹使用的是2023.3版本的Gromacs，安装于Ubuntu20.4版本服务器由于新版的Gromacs不再支持do_dssp命令无法获得二级结构，故按照论坛教程安装了Gromacs2018，于本 …
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安装dssp时，域名解析暂时失败，怎么办 - 计算机使用与Linux交流 …
2023年6月21日 · sudo wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/dssp-2.0.4-linux-amd64-O /usr/local/bin/dssp正在解析主机 ftp.cmbi.ru.nl (ftp.cmbi.ru.nl)... 失败：域名 ...